旧慣のもう一つの要である地方制度は、土地整理に先立ち1896（明治29）年に改編されました。これにより、沖縄全域は島尻（しまじり）・中頭（なかがみ）・国頭（くにがみ）・宮古・八重山の5郡と、那覇・首里の2区に分けられました。また、さきの3地域には郡長が、先島（さきしま・宮古および八重山諸島）には島司が、そして那覇・首里には区長がおかれて、行政区画が明確になりました。
　1897（明治30）年には、従来の間切（マギリ）・島番所が役場に改称され、役人の数も大幅に削減されました。さらに1899（明治32）年には、議決機関として間切会・島会がおかれ、間切・島の総代が選んだ議員によって構成されました。
　しかし、これらの自治への歩みも、県当局から完全に独立したものではありませんでした。本格的な地方自治改革がおこなわれるのは、それからおよそ10年後のことになります。
　1908（明治41）年には、間切・島が町村に、村が字に改められました。翌1909（明治42）年には沖縄県会が設置されましたが、これにもさまざまな制限がありました。結局、沖縄の人々が他府県なみの自治権を獲得したのは、大正デモクラシーが高揚しつつあった1920（大正9）年のことでした。また、謝花昇（じゃはなのぼる）らの運動の成果である国政参加の施行も、1912（大正元）年になってからでした。宮古・八重山の国政参加が認められたのは、さらに遅れた1919（大正8）年のことでした。